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次のコマンドを叩く。

node -e "console.log(Object.keys(require('./package.json').dependencies).join(' '))" | xargs npm i

やっていることは単純で、package.json の dependencies のパッケージ名を Node.js で列挙して、 npm install の引数に渡している。package.json のバージョン指定をすべて無視して、とりあえず普通に npm install したときにインストールされるものにバージョンを揃えることができる。